BioSoftware Progress

PharmScan 95
Mutamatic 75
Phimdit 60
Chimera Builder 40

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Plataforma para el desarrollo de modelos tridimensionales de proteínas transportadoras y el barrido masivo de bibliotecas de moléculas pequeñas (desde ~300,000 a 11,000,000), para realizar la búsqueda, identificación y clasificación racional de nuevos fármacos con actividad para proteínas transportadoras en humanos. La formalización será realizada a través de una plataforma accesible vía web denominada PharmScan Transporter: Plataforma para la realización y análisis de docking molecular masivo aplicado a proteínas transportadoras. Nuestra propuesta agrupa una serie de aplicaciones desarrolladas durante el transcurso del trabajo de Tesis Doctoral para el desarrollo robusto y automatizado de modelos tridimensionales, donde los dos modelos generados corresponden a los modelos 3D validados y utilizados por la comunidad científica para transportadores de glucosa y de vitamina C. Esto nos da una ventaja competitiva que nos permite identificar y adquirir comercialmente grupos de moléculas con un alto potencial de interactuar con los transportadores blanco, aplicables a terapias en diabetes y cáncer, u otras patologías dependiendo del transportador seleccionado. Nuestra propuesta incide en la eficiencia de identificación y selección de nuevos fármacos y por tanto en la disminución en los tiempos y costos de producción, lo que tendrá una incidencia directa en los precios finales de mercado, incrementando el nivel de accesibilidad de estos productos por los usuarios de los mismos en enfermedades de alto impacto.
El objetivo de mediano plazo es empaquetar la nueva plataforma de diseño racional de fármacos aplicada a proteínas transportadoras y generar un portafolio de transportadores, licenciar las aplicaciones desarrolladas, y ofrecer los siguientes productos: Modelo tridimensional del transportador de interés, listado de moléculas pequeñas identificadas, adquisición de las moléculas pequeñas a ser ensayadas, clusterizado quimiométrico y clasificación como sustratos, activadores o inhibidores, y finalmente desarrollo de nuevos farmacóforos.
Mutamatic es una suite de programas escritos en python que permite el diseño automatizado y en una etapa de partidores de ADN para ejecutar experimentos de mutagénesis sitio-dirigida.
a) Optimización del trabajo en laboratorio. El trabajo de laboratorio ha migrado hacia la realización masiva de experimentos de mutagénesis sitio dirigida, nosotros hemos desarrollo un método que optimiza este procesos de diseño automatizando los pasos con las consecuentes ganancias de tiempo y minimización de errores. Nosotros diseñamos 100 partidores en 1 minuto, donde normalmente el tiempo es de 30 minutos. Además, el diseño permite la evaluación de los resultados sin tener que esperar hasta dos semanas para la secuenciación de resultados, permitiendo observar en un día si el experimento fue positivo.
b) Herramienta de diseño propio con la capacidad de funciones extendidas. El crear este prototipo nos permite desarrollar un producto comercializable y transferir nuestra tecnología ya sea el producto a través de un software o de un diseña en nuestros servidores. Al mismo tiempo esta base nos permitiría desarrollar otras capacidades extendidas de diseño como barridos de alaninas, diseño de casete mutagénicos y sitios de corte de proteasas.
Se ha desarrollado una plataforma online para el diseño de partidores de nucleótidos para realizar mutaciones sitio dirigidas incorporando sitios de corte de enzimas. Desarrollo de reacciones de cadena de la polimerasa (PCR) múltiples, y diseño de partidores para experimentos de PCR en tiempo real. Diseño de partidores para identificación de tejidos y líneas celulares.
Plataforma de oferta y búsqueda de medicamentos. A esta plataforma hemos llamado Phind-IT (lease find it!) que es una plataforma web donde las farmacias pueden crear una cuenta personalizada y subir en tres pasos su stock semanal con geo-referencia a su local. Esta plataforma va acompañada de una aplicación móvil que permite a los usuarios interrogar en tiempo real esta base de datos y verificar la información entregada por la farmacia. Además hemos implementado un algoritmo de propuesta de otras opciones de medicamentos basado en la disponibilidad geo-referenciada y de las características del principio activo en genéricos y bioequivalentes. Este proyecto es realizado con financiamiento desde PRAE-35128 de CORFO, Chile.
Plataforma bioinformática para el diseño y la evaluación de proteínas quiméricas. Las proteínas quiméricas son proteínas diseñadas por el hombre, mediante la fusión de proteínas existentes, que otorgan a la proteína quimérica una actividad particular y de interés, generalmente para uso terapéutico. Hoy en día, la industria farmacéutica, ha generado fármacos biológicos que tienen una mayor probabilidad de llegada al mercado que moléculas pequeñas sintéticas. Las proteínas quiméricas actuales son biofármacos como anticuerpos, receptores o moléculas de señalización. Estas proteínas se fusiona a otras proteínas que le otorgan nuevas propiedades biofísicas y farmacológicas, como el aumento de la vida media, la estimulación de vías de señalización, la estimulación del sistema inmune, entre otras. Estas proteínas quiméricas se encuentran involucradas en las terapias actuales de alto impacto en la salud de la población y con su consiguiente éxito comercial. Sus aplicaciones son en enfermedades como artritis reumatoide, diversos tipos de cáncer y también en vacunas. ChimeraBuild es capaz de generar diseños de proteínas quiméricas, involucrando información estructural y de dinámica molecular, de una forma automatizada. Además, su plataforma intuitiva permite que usuarios no especializados en la construcción de químeras puedan utilizarla, y además propone nuevas estrategias basadas en la experiencia de 10 años de investigación. La evaluación exhaustiva de ChimeraBuild permite que el usuario caracterize con anterioridad a las pruebas in vitro su proteína quimérica, disminuyendo costos experimentales.

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